有限公司年報的填寫操作流程如下：

1. 打開國家企業信用信息公示系統網站，點擊“企業信息填報”，選擇公司所在地。
2. 點擊新頁面中的“點擊登錄”，選擇“電子營業執照登錄”，通過掃描二維碼的方式進行登錄。登錄后即可進入年報填報頁面。
3. 根據頁面提示，確認公司名稱，并填寫年報信息。需要包括財務報表、經營活動、人員情況等信息。請確保信息準確完整，并做出任何修改。
4. 填報完成后，點擊“提交并公示”按鈕，完成年報的填報。
5. 等待系統審核，填報成功后，可以在公示系統中查看已公示的年報信息。

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