醫療器械經營備案憑證辦理流程如下：

1. 申請人向擬辦企業所在地設區的市級負責藥品監督管理的部門提出申請，并提交相關資料。
2. 設區的市級負責藥品監督管理的部門對相關資料進行審查，如資料齊全且符合要求，則予以受理。
3. 設區的市級負責藥品監督管理部門準予許可的，會在法定期限內作出許可決定并頒發醫療器械經營備案憑證。

需要注意的是，具體流程可能因地區而異，建議咨詢當地相關部門了解詳細流程和要求。此外，申請醫療器械經營備案憑證需要準備相關材料，包括但不限于申請表、負責人身份證明、經營場所證明、倉庫設施證明等，確保資料的真實性和完整性。

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