北京農民專業合作社股東成員變更登記的流程如下：

1. 合作社股東變更手續，需要向登記機關遞交申請書，以及新股東信息等資料。登記機關會將這些信息通報同級農業等有關部門，審核通過后，予以變更。

2. 合作社需要準備《農民專業合作社登記（備案）申請書》、成員大會或者成員代表大會做出的變更決議、法定代表人簽署的修改后的章程或者章程修正案等材料。

3. 農民專業合作社變更股東的，還應當提交變更申請、工商審核及驗資、向農委備案、財務年度完結增加股東等材料。

4. 登記機關應當自受理登記申請之日起二十日內辦理完畢，向符合登記條件的申請者頒發營業執照，登記類型為農民專業合作社。

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