農民專業合作社減少注冊資本變更登記的流程如下：

1. 準備相關材料，包括農民專業合作社法定代表人簽署的《農民專業合作社變更登記申請書》（法定代表人簽名）、成員大會或者成員代表大會做出的變更決議、法定代表人簽署的修改后的章程或者章程修正案等。

2. 申請人登錄省工商局網上登記注冊大廳在線填寫業務表單并提交電子材料，提出行政許可申請，登記機關對網上填報的申請文件、材料進行初審。

3. 申請文件、材料齊全且符合法定形式的，登記機關通過初審，告知申請人到窗口或通過郵政快遞提交紙質文件及予以受理并出具《受理通知書》。

4. 登記機關自受理材料5個工作日內作出審查決定。

5. 準予許可的，出具《核準登記通知書》并告知申請人自決定之日起10個工作日內核發營業執照，由申請人現場領取。不準予許可的，出具《登記駁回通知書》，并說明不準予登記的理由。

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