北京農民專業合作社股東變更登記流程如下：

1. 由合作社的法定代表人簽署相應的農民專業合作社變更登記申請書。

2. 由成員大會或者成員代表大會作出是否變更股東的決議。

3. 提交變更申請。

4. 工商審核及驗資。

5. 向農委備案。

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請注意，在辦理股東變更登記前，需要準備好相應的材料，包括成員大會或成員代表大會作出的決議、修改后的章程或章程修正案、變更申請書等。同時，根據規定，合作社的法定登記事項變更的，應當申請變更登記，以便于相關部門進行審核和批準。